De tidligste hjerner (som opfylder de mest basale kriterier for at være hjerner) opstod hos en eller flere af de dalevende ormelignende dyr for mere end 700 millioner år siden. Der var tale om en simpel samling af nerveceller i forenden af dyret, forbundet med resten af nervesystemet i kroppen via nogle nervestrenge, som løb i så godt som hele dyrets længde.

Denne form for hjerne findes stadig i dag hos flere forskellige former for orme.

Mere specialiserede hjerner findes i flere af de overordnedes dyregrupper i dyreriget. De mest komplekse hjerner i dyreriget findes således blandt leddyr (primært blandt insekterne), bløddyr (som blæksprutter), og hvirveldyr (vores egen dyregruppe).

 * * *

Et af de store spørgsmål omkring hjernens oprindelse er, hvorvidt hjernen er opstået parallelt flere gange i forskellige udviklingslinjer, eller om alle nuværende hjerner er udviklet af en oprindelig urhjerne (som må være opstået blandt nogle af de tidligste bilaterale dyr, dvs. dyr som er symmetriske om midteraksen)?

Uanset hvad svaret på dette spørgsmål er: om alle hjerner er udviklet fra en og samme oprindelige urhjerne, eller om hjernen er opstået flere gange i udviklingshistorien – så tyder alt i hvert fald på, at komplekse hjerner er opstået (mindst) tre gange, uafhængigt af hinanden, i tre forskellige dyregrupper: blandt leddyr, blandt bløddyr og blandt hvirveldyr.

 * * *

Selvom der kan påvises en række ligheder mellem disse tre forskellige typer af hjerner, de mest avancerede i dyreriget, så findes der altså tre forskellige, forholdsvis avancerede og komplekse, typer af specialiserede hjerner: leddyrhjernen (eller insekthjernen), bløddyrhjernen (eller blækspruttehjernen) og hvirveldyrhjernen.

Fælles for disse hjerner er, at selvom de enkelte dyrearters hjerner udviser forskellige specialiseringer, er de alle variationer over en fælles grundplan, som går igen hos de øvrige dyr, som tilhører den samme gruppe af dyr.

Menneskehjernen er – trods sit store omfang og sine specialiseringer – dermed i bund og grund en variation over et grundlæggende tema, den grundlæggende hvirveldyrhjerne, som går igen hos en lang række andre dyr.